Ngày 28/11/2012 Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị quyết điều chỉnh mở rộng địa giới hành chính thị trấn Yên Thịnh, điều chỉnh nguyên trạng toàn bộ 397,97 ha diện tích tự nhiên, 3.288 nhân khẩu của xã Yên Phú và 159,76 ha diện tích tự nhiên, 1.233 nhân khẩu của một phần xã Khánh Thịnh để thị trấn Yên Thịnh quản lý.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, thị trấn Yên Thịnh có 763,34 ha diện tích tự nhiên và 8.050 nhân khẩu. Xã Khánh Thịnh có 423,4 ha diện tích tự nhiên và 4.262 nhân khẩu.